Né à Munich et élevé à Marseille, Jean-Mathieu REY a rejoint la Marine nationale par le lycée naval de Brest. Diplômé de l’Ecole navale, il sert jusqu’en 2011 à la mer, totalisant 21 ans embarqués et plus de 50 000 heures de navigation sur bâtiments de combat, du patrouilleur au porte-avions.
Après la campagne d’application JEANNE D’ARC en Afrique et aux Amériques, il opère en Asie sur escorteur basé à Tahiti, puis au commando TREPEL comme chef d’escouade avec laquelle il intervient au Liban en appui de nos diplomates et dans le golfe de Gascogne contre les pêcheurs espagnols. Au sein des forces de surface, il se spécialise dans les missiles et participe sur frégates aux embargos en Irak et en Yougoslavie et à la projection de puissance en Bosnie au sein du groupe du porte-avions.
Il conduit en 1996, en tant que commandant adjoint opérations, la mise au point de la frégate LA FAYETTE fraichement sortie du chantier de Lorient.
Il commande en 1997-1998 le patrouilleur LA GLORIEUSE à Nouméa avant d’être chargé du maintien en service des systèmes missiles de la Force d’action navale (FAN) et de la conduite du programme d’armement d’amélioration de l’autodéfense anti-missiles de la flotte (OP3A). Breveté de l’école de guerre en 2001, il devient commandant adjoint opérations de frégate antiaérienne, participant aux missions de projection de puissance en AFGHANISTAN. Il commande la frégate NIVOSE en Océan Indien en 2003-2004 engagée contre le terrorisme (golfe d’ADEN et mer ROUGE), l’immigration clandestine (MAYOTTE) et la pêche illicite (KERGUELEN).
Détaché à Paris au ministère des affaires étrangères pour coordonner la coopération de sécurité et de défense en Asie, il supervise la formation des officiers de l’armée d’Afghanistan, l’organisation de la gendarmerie du Cambodge et la naissance de la sous-marinade de Malaisie.
Il rejoint en 2006 la division « Entraînement » de la FAN, comme adjoint puis chef, responsable de la préparation opérationnelle des 12 000 marins de cette force. Il y développe la coopération avec la Royal Navy et l’ouverture aux méthodes de la marine marchande. Nommé en 2008 chef d’état-major du groupe du porte-avions et chef « opérations » de la force aéromaritime de réaction rapide (FRMARFOR), il est engagé dans la mission ONU au Liban (FINUL) comme « deputy » de l’amiral commandant le secteur naval puis conduit la remontée en puissance du groupe du CHARLES DE GAULLE sortant de grand carénage.
Il prend en juillet 2009 le commandement du destroyer de défense aérienne FORBIN pour achever la mise au point de cette toute nouvelle unité puis se déployer deux ans avec le porte-avions en Mer du Nord (exercice majeur OTAN « Brilliant Mariner »), en Océan Indien (mission AGAPANTHE et son volet afghan) et en Libye (mission HARMATTAN). Le FORBIN y connaît son baptême du feu et confirme ses remarquables qualités guerrières.
À Paris en septembre 2011, Jean-Mathieu REY ouvre le poste de référent naval au Centre interarmées de concepts, de doctrines et d’expérimentations (CICDE) où il se consacre au RETEX de la guerre en Libye et à la mise à jour du Livre Blanc. Il devient l’année suivante auditeur du Centre des hautes études militaires (CHEM), de l’Institut des hautes études de la défense nationale (IHEDN) et – en trimestre « Erasmus » - du Higher Command and Staff Course (HCSC), le CHEM britannique.
En 2013, s’orientant vers les finances et le soutien, il est chargé de la réorganisation de l'état-major des armées (EMA) en 3 piliers (création pilier PERFORMANCE) puis y prend le pilotage stratégique du fonctionnement des armées, directions et services et de la transformation des fonctions « support ». En 2015, comme adjoint « finances et soutiens » à l’état-major de la marine (EMM), il conduit la préparation des forces de la marine et le soutien associé.
Il devient le 1er septembre 2017 directeur central adjoint du service de soutien de la flotte (SSF) où il est promu contre-amiral. Il y assure la maîtrise d'ouvrage de l'entretien de la flotte française avec un budget annuel de 1,3 milliards d'euros.
Le 1er août 2020, le contre-amiral Rey devient commandant supérieur des forces armées en Polynésie française (COMSUP POLYNÉSIE) et de la zone Asie-Pacifique (ALPACI). Il met en oeuvre à partir de Tahiti, le volet militaire de notre stratégie INDOPACIFIQUE, en lien avec nos partenaires des USA, du Japon, d'ASEAN mais aussi d'Océanie et d'Amérique latine.
Depuis le 1er septembre 2022 il occupe actuellement les fonctions d’autorité de coordination pour les « relations internationales » de la marine (ALRI).
Jean-Mathieu REY est commandeur de l’ordre national du mérite, officier de la Légion d'honneur et décoré de la croix de la valeur militaire. Il est marié et père de 5 enfants.